古くから御食国として知られた若狭湾に面する歴史の街・小浜市の観光スポット

境内はうっそうとした杜に覆われ、本殿・神門・随神門が一直線に並ぶ構成となっており、それぞれの建物が福井県の指定文化財となっています。

上社と同様に、境内には江戸時代に造営された本殿・神門・随神門が一直線に並び、ともに福井県指定の有形文化財です。御垣内には樹高40メートルという「千年杉」がそびえ、社叢全体も福井県指定有形文化財となっています。

本堂は天文22年（1553）に戦国大名・朝倉義景が再建したもので、国の重要文化財に指定されています。また、東大寺二月堂のお水取り（修二会）に閼伽水を送る「お水送り」という行事でも知られます。

昭和47年（1972）以降の発掘調査により、南大門・中門・金堂・講堂が一直線に並び、東に塔を配置する建立当時の伽藍のようすが明らかとなりました。現在は国史跡に指定された旧境内には園路や芝生広場が整備されており、その一角に直径約50メートルの円墳である国分寺古墳もあります。

現在の境内には、江戸時代初期、かつての金堂跡に規模を縮小して再建された釈迦堂があり、内部に本尊として釈迦如来が祀られるほか、道路を挟んで西側の薬師堂には、国重要文化財となっている鎌倉時代の薬師如来像が安置されています。

本堂と三重塔は鎌倉時代の檜皮葺のもので、ともに国宝に指定されています。福井県内にある建造物で国宝に指定されているのはここだけです。

敷地に当たる小浜城跡は、寛永19年（1641）に完成した、小浜湾の三角州の内側にある全国的にも珍しい水城の跡で、福井県の指定史跡です。明治初期に廃城となっていますが、今でも石垣の一部が残されています。